Pada jaman dahulu sebelum berdirinya Kerajaan Payangan, datanglah seorang Maha Rsi yang bernama Rsi Markandiya, disamping bergelar sebagai Rsi, beliau juga dikenal sebagai Aksitektur dan sebagai Pendeta. Dengan kesaktian yang beliau miliki, pada suatu hari beliau bersemadi (bertapa) disuatu tempat dan melihat sesuatu yang baik yaitu Para dan Hyang, yang artinya Tempat Suci / baik, lama kelamaan tempat ini disebut Payangan sampai sekarang. Ditempat Beliau bertapa tersebut disebut Pengaji.

Berdasarkan letak geografi wilayah Payangan berada di tengah-tengah Pulau Bali, yang memiliki dua musim yaitu musim hujan dan musim kemarau, hal ini memberikan berkah yang luar biasa yaitu kesuburan tanah yang sangat cocok untuk daerah pertanian.

Pada masa perjalanan beliau Rsi Markandiya di daerah Payangan, akhirnya sampai disuatu tempat yang masih berupa hutan belantara, yang di huni oleh binatang buas. Di hutan belantara tersebut para pengikut beliau mengadakan perabasan hutan untuk dijadikan daerah pertanian, namun semua pengikut yang perabasan hutan itu diserang wabah penyakit sehingga Rsi Markandiya melakukan pemujaan dan memohon agar pengikutnya dapat disembuhkan. Dengan usaha dan kesaktian Beliau, maka pengikutnya dapat sembuh dari wabah penyakit tersebut. Di tempat Beliau melakukan pemujaan dan memohon keselamatan itu diberi nama “Alas Angker”, hingga saat ini berdiri Pura Dang Kahyangan yang disebut “Pura Alas Angker”. Di sekitar Pura Alas Angker tersebut, di daerah yang dirabas oleh para pengikut beliau  tersebut, ternyata sangat cocok sebagai daerah pertanian, segala yang di tanam atau dibudidayakan oleh para pengikutnya dapat tumbuh dengan baik dan menghasilkan, sehingga Rsi Markandiya dan para pengikut beliau dapat hidup sejahtera atau kertha. Karena daerah tersebut memberikan kehidupan yang sejahtera atau kertha kepada para pengikutnya, sehingga daerah tersebut diberi nama “ Kertha ” sampai sekarang, yang artinya “ Sejahtera “.

Sejak Tahun 1958 Desa Kerta ditetapkan sebagai desa definitif, yang pimpin oleh seorang Perbekel / Kepala Desa. Adapun Perbekel / Kepala Desa yang telah memimpin Desa Kerta sejak saat itu adalah :

1. Tjokorda Gede Alit ( Almarhum )
2. Anak Agung Gede Agung ( dari tahun 1977 s/d 1993 )
3. I Made Kicen Suarthana ( dari tahun 1993 s/d 2007 )
4. I Made Gunawan, SP., SH.,M.Par ( dari tahun 2007 sampai sekarang )

Demikian sekilas asal usul Desa Kerta yang dapat kami sampaikan berdasarkan Lontar Wuug Payangan dan cerita dari tetua-tetua yang sekiranya dapat mengungkapkan asal usul Desa Kerta.