Kompleks Istana Amantubillah dibagi menjadi tiga bagian utama yakni bangunan utama, sayap kanan, dan sayap kiri. Dahulu, bangunan utama di istana ini merupakan singgasana raja beserta permaisuri hingga para keluarga raja. Sementara itu, bangunan sayap kanan dijadikan tempat untuk mempersiapkan jamuan makan bagi kalangan keluarga istana. Segala keperluan jamuan makan bagi para tamu istana dipersiapkan di bangunan ini. Sementara, pada bagian sayap kiri dijadikan ruangan pusat untuk mengurus administrasi pemerintahan kerajaan. Selain itu, bangunan di sayap kiri ini juga sering digunakan sebagai aula tempat pertemuan raja dengan para abdi dalem.

Saat ini ketiga bangunan sudah berubah fungsi seperti bangunan utama saat ini sudah dirubah menjadi museum Kerajaan Mempawah yang menyimpan berbagai peninggalan kerajaan seperti singgasana raja, busana kebesaran, dan payung kerajaan. Bangunan ini juga menyimpan foto-foto raja yang pernah berkuasa di istana ini beserta para keluarganya. Sementara itu, bangunan sayap kanan saat ini memiliki fungsi sebagai pendopo istana dan bangunan sayap kiri saat ini dijadikan tempat tinggal para kerabat Kerajaan Mempawah.