Syekh Muhammad Sa'id Al Khlidi Bonjol dilahirkan di sebuah desa terpencil diiseberang sungai di bawah kaki bukit Rawang, kampung Sawah Syekh Said Bonjol sawah Nangguang, Padang Baru, Kenagarian Ganggo Hilir, Kecamatan Bonjol Pasaman pada tanggal, 20 April 1881 M. bertepatan dengan 21 Jumadil Awal 1298 H. Ayahnya bernama Syifat Sutan Mudo suku Sikumbang berasal dari kampung Air Deras, Limo Koto, Kumpulan. Ibunya bernama Hajah Kamimah suku Caniago berasal dari Padang Baru, Ganggo Hilir, Bonjol. Ayahnya meninggal tahun 1884 M. dimana beliau masih berumur 3 tahun. Syekh Muhammad Said berasal dari keturunan yang taat beragama, namun semasa kecil beliau, kehidupannya tidak begitu cerah karena sewaktu masih kecil sudah ditinggalkan oleh ayahnya untuk selama lamanya. Beliau adalah anak tunggal dari ibunya. Setelah ayahnya meninggal dunia, beliau diasuh oleh ibundanya, namun beberapa tahun kemudian ibunya kawin lagi dengan seorang pedagang berasal dari Padang Manggis, Agam. Beliau tidak mengenal hidup mewah. Masih kecil sudah membantu ibundanya dalam mencari nafkah. Sewaktu di Padang ikut ibu dan bapak tiri, beliau pernah bekerja di pabrik Lemon, sedangkan umur beliau saat itu masih berumur 14 tahun. Almarhum ayahnya sebelum kawin dengan ibunda beliau, sudah punya seorang anak dan tinggal di Malaya (Kolang). Sewaktu Syekh Muhammad Said berumur 8 tahun, beliau pergi ke Malaya yang sekarang disebut Malaysia untuk menemui saudara beliau tersebut disana. Beliau sempat tinggal di Kolang dari tahun 1890 – 1892 M. dan sempat belajar di sekolah Dasar selama berada disana. Pada suatu hari, beliau menyatakan keinginannya kepada kakak beliau untuk kembali kekampung halaman di Bonjol. Setelah kakak beliau menyetujui, beliau kembali kekampung. Sampai di kampung, beliau mengaji Alquran dengan Syekh Djamaluddin, inyiak Tanjung Bungo di mesjid Tuanku Imam Bonjol selama 3 tahun. Karena ibundanya pindah ke Padang, beliau terpaksa berhenti dan ikut ke Padang. Tidak sampai 1 tahun di Padang, Ibunda beliau khawatir akan perkembangan dan masa depan beliau maka ibunda beliau membawanya kembali ke Bonjol dan menyerahkan beliau untuk mendalami ilmu agama kepada seorang ulama besar saat itu yaitu Maulana Syekh Ibrahim di Koto Kaciak Kumpulan yang lebih dikenal sebagai inyiak Balinduang Surau Batu Kumpulan. , Setelah Menamatkan sekolahnya di Mekkah al mukarramah , kembali ke Bonjol Lalu mengembangkan Thariqat Naqshabandiah Mujaddidiah Al Khalidiah di Nusantara dengan kiprah politik beliau di PERTI bersama Syekh Sulaimana Ar Rasulli dengan menggagas Tarbiyah Islamiyah sampai 1979 . Ajaran diteruskan oleh anak beliau Buya Harun Al Rasyid bin Sa'id (Mursyda Al Mahzunu ma'nun ) Bonjol di desa Sipisang,Bonjol .